根据职责，区交通局设5个职能股室。
一、 办公室
   组织协调机关行政工作，起草重要报告、综合性文件；负责值班、文秘、政务信息、机要、保密、信访、档案、保卫工作，负责有关重要会议的组织工作和接待工作。
二、交通管理股（法制股）
   贯彻执行公路和水路运输政策；负责道路、水路客货运输、装卸搬运、车船维修检测、港口企业、汽车租赁、机动车驾驶学校和驾驶员培训等行业管理；指导交通系统法制建设；负责组织、协调交通系统的执法监督和行政复议、诉讼及公路路政管理工作；指导交通系统体制改革工作。
三、交通工程生产安全股（科技股）
   组织编制交通中长期发展规划和年度计划；负责全区交通基础设施建设市场管理，建设和养护的质量管理工作；负责管理交通工程技术标准、技术规范和大中型交通工程建设项目的初步设计的审查；组织对工程建设项目的竣工验收和工程决算；指导
区企业运输生产的安全管理和地方水上交通安全监督、船舶检验、航道保护工作。
组织拟定交通行业科技发展战略、规划和计划；组织管理重大科技项目攻关、新技术引进、开发和科技成果鉴定、推广、应用；负责交通行业有关技术管理工作；负责交通行业信息网的建设与管理。
四、财务审计股
   贯彻执行交通规费、基本建设、国有资产以及交通财务等方面的有关政策、办法；负责交通基础设施建设、养护资金的筹集、管理工作；审编局及局属单位预决算工作；审计、指导全区交通行业财务管理工作。
五、政工股（老干部管理股）
   负责局机关及直属单位人事、机构编制和劳动工资等工作；配合主管部门组织、指导交通行业专业技术职务评审、劳动技能鉴定等工作；负责局系统老干部管理工作。